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免疫预防是控制大肠杆菌病的主要手段之一。目前所用的大肠杆菌苗多数是选用常见的血清型、多种菌液混合制成的，效果有时不理想。主要存在以下三个问题： 1 制苗菌种选择不当： 大肠杆菌的血清型较多，其致病性和免疫原性也各不同，尤其是某些地区存在着特有的菌株。但致病性大肠杆菌也有其共性，即大肠杆菌菌毛是致病的先决条件，大多致病大肠杆菌含有n和P菌毛，只有选择含有n和P菌毛并表达较好的大肠杆菌制造的菌苗才可能有好的效果。 2 缺乏菌毛的检测鉴定方法： 过去对分离的大肠杆菌有否菌毛及表达多少无法测定。菌种经多次传代，菌毛有否丢失也无法检测。菌苗中菌毛含量多少也无法测定，保证不了疫苗的质量。近年来青岛易邦生物工程有限公司与扬州大学合作制备两种菌毛的单克隆抗体，可以检测和鉴定这两种菌毛，为制造合格菌苗提供技术保证。 3 菌苗含菌量不够： 每羽份不能低于5亿个CFU，否则效果不理想。另外也可采用大肠杆菌本地分离致病株制备菌苗进行免疫预防。临床使用的大肠杆菌苗主要有鸡大肠杆菌多价氢氧化铝苗、多价油佐剂苗和蜂胶疫苗。

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