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小肠球虫感染小肠球虫主要寄生于肠粘膜上皮细胞中，当其大量生长繁殖时，必然导致肠粘膜增厚，水肿，严重脱落及出血等病变，使饲料不能完全被消化吸收，同时对水分的吸收也明显减少。尽管鸡大量饮水，也会引起脱水现象，所以发病鸡所排粪便很稀薄且不成形，内含有没有被消化的饲料。 细菌感染细菌能引起肠炎，也是肉鸡肠毒综合症病因之一。如沙门氏菌、产气夹膜梭菌等，通过刺激破坏肠道黏膜，引起炎症使肠蠕动速度加快，消化液排泄过多，饲料通过消化道的时间缩短，导致消化不良。 病毒感染病毒也是引起肠毒综合症的诱因之一，如呼肠弧病毒引起肠炎，损害肠道的吸收功能。 肠道内的酸碱平衡失调由于季节、饲料、病原微生物等原因引起肠道菌群失调，产生大量乳酸，使肠道内pH值严重降低，肠道内环境发生改变，有益菌减少有害菌大量繁殖，又由于此时肠道处于厌氧环境，魏氏梭菌、肠梭菌等厌氧菌会大量繁殖，有害菌与球虫相互协调而加强了致病性。这样就会造成有益菌减少，而有害菌大量生长繁殖，特别是大肠杆菌、沙门氏菌能加重致病性。菌群所分泌的毒素增多，刺激肠道粘膜使肠蠕动加快，消化液排出增多，饲料通过肠道的时间缩短，形成消化不良。未消化的饲料随同脱落的粘膜一起排出体外，形成西红柿样或鱼肠样粪便。 电解质大量流失由于球虫和有害菌大量生长繁殖导致消化不良和肠道吸收障碍，使电解质吸收减少。同时，由于大量的肠粘膜细胞迅速破裂崩解，使电解质大量流失，出现生理生化障碍，特别是钾离子的大量流失，会导致心脏的兴奋性过度增强，这也是肉鸡猝死症明显增多的主要原因之一。 自体中毒在发病过程中，大量肠道上皮细胞破裂，在细菌的作用下，发生腐败分解，以及脱落的肠粘膜、死亡的虫体等在体内发酵分解产生大量有毒物质。同时，肠道内异常菌群分泌的毒素均会被机体吸收后发生自体中毒，出现兴奋不安、尖叫、瘫痪而衰竭死亡等症状。 饲料因素饲料中大量的能量、蛋白质和部分维生素能促进细菌与球虫的大量繁殖，加重症状。所以营养越丰富，发病率就越高，症状就越严重。而饲喂品质较低的饲料相对发病较低，霉变饲料也能加重病情。

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